莫拉克颱風水淹南台灣，重創國內畜牧業。農委會初估，這次國內蛋雞、白肉雞、土雞的損失，都創史上新高；業界預期豬隻死亡頭數將近2萬頭，國內毛豬供需恐會失衡，肉品、蛋品都會大漲。
業者分析，國內養豬、養雞業都以彰化與高高屏一帶為重心，養雞產業位於台中以南的比重約達55%，養豬產業比重更逼近七成，都是這次的重災區；特別是雞隻比毛豬怕水，損傷才會如此嚴重。
業者強調，毛豬畜養需要半年以上、土雞約12周，換言之，中元節以前的肉品價格恐怕易漲難跌；此外，蛋雞從出雞到產蛋也需半年以上，先前已因為天氣炎熱造成產地雞蛋供不應求，如今恐怕更雪上加霜。
根據農委會昨（9）日初估，這次莫拉克風災造成損失的白肉雞約91萬隻、蛋雞89萬隻、土雞最為嚴重達37萬隻，都創下歷年來新高紀錄。包括大成、卜蜂、頂新等大集團，都有契養戶的雞舍淹水，損失情況不一。
此外，毛豬的損失還在統計中，但最大的養豬戶台糖率先傳出災情。冷凍肉品公會更推估，損失的毛豬數量恐達到2萬頭，恐造成短期毛豬供應短缺。
台糖表示，受南化水庫洩洪影響，善化廠超過3,000頭豬全遭淹沒。屏東養豬廠畜養頭數比善化廠還多，淹水也相關嚴重，台糖已派員全面瞭解，但毛豬存活情況可能很難樂觀。
台糖表示，國內目前每百公斤約6,700至6,800元，國內養豬頭數約比去年減少近10%，加上消費者恐慌，國內豬價今天可能就會上漲。